Der Markt für Auftragssynthesen ist sehr divers und für Außenstehende oft schwer durchschaubar. Unzählige Anbieter mit jeweils ganz eigenen Spezialisierungen (technologisch oder maßstabsbezogen) stehen einer ebenso großen Anzahl an möglichen Vertragsoptionen gegenüber. Daher unterscheiden sich auch die Kosten einer Auftragssynthese sehr deutlich von Projekt zu Projekt und von Anbieter zu Anbieter. Dabei spielen nicht nur die eher offensichtlichen Punkte - wie Kosten des Ausgangsmaterials oder Anzahl der Arbeitsstunden - eine Rolle, sondern ebenso verschiedene Risikoprofile, erforderliche F&E-Aufwände sowie Anforderungen an die Produktreinheit, die Gefährdungsvermeidung, die Dokumentation und die analytische Spezifikation. Entsprechend sind einfache, reproduzierbare, bereits gut dokumentierte Synthesen zu bekannten Substanzen viel günstiger als mehrstufige Erstsynthesen unbekannter Verbindungen.